Rais Dkt John Magufuli alizaliwa oktoba 29 mwaka 1959 huko Chato mkoani Geita, wakati huo ikiwa bado sehemu ya mkoa wa Kagera.
Alipata elimu ya msingi kati ya mwaka 1967 na 1974 katika shule ya msingi Chato, na kisha kujiunga na Seminari ya Katoke kwa elimu ya sekondari kati ya mwaka 1975 na 1977.
Baadae Rais Magufuli aliendelea na masomo ya sekondari katika shule ya Lake jijini Mwanza na kumaliza kidato cha nne mwaka 1978.
Mwaka 1979 alijiunga na shule ya sekondari ya Mkwawa mkoani Iringa ambapo alihitimu mwaka 1981, na mwaka huohuo akajiunga na chuo cha ualimu Mkwawa ambapo alihitimu Stashahada ya elimu katika Sayansi akijikita katika masomo ya Kemia na Hisabati.
Rais Magufuli alijiunga na Chuo Kikuu cha Dar es salaam ambapo alihitimu shahada ya kwanza ya sayansi katika kemia na hisabati mwaka 1988.
Mwaka 1994 alihitimu shahada ya Uzamili katika sayansi, na hatimaye kuhitimisha safari ya elimu kwa kupata shahada ya uzamivu mwaka 2009 kutoka Chuo Kikuu cha Dar es salaam.